โรงเรียนบาเจาะตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2510 โดยกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ในระยะแรกโรงเรียนได้อาศัยอาคารเรียนและที่ดินของค่ายลูกเสือน้ำตกปาโจ เป็นสถานที่เรียน สำหรับโต๊ะเก้าอี้นักเรียนและกระดานดำ ได้ยืมใช้จากโรงเรียนประถมศึกษา ในปีแรกเปิดสอนเฉพาะชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1
มีนักเรียนทั้งสิ้น 16 คน นักเรียนชาย 14 คน นักเรียนหญิง 2 คน ครู 1 คน คือ นายสุนทร เทพขุน
           ปีการศึกษา 2512 โรงเรียนก็ยังไม่มีอาคารเรียนเป็นของตนเอง จึงต้องอาศัยเรียนที่กองอำนวยการลูกเสือน้ำตกปาโจ2 ห้องเรียน คือชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 และ 3 ส่วนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1ได้อาศัยเรียนที่โรงเรียนบ้าน้ำตกปาโจ  ในขณะนั้นมีนักเรียนทั้งสิ้น75 คน
           ปีงบประมาณ 2513 ได้รับงบประมาณหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างจึงมีอาคารเรียนปลูกสร้างในที่ดินของค่ายลูกเสือน้ำตกปาโจ เป็นอาคารเรียน 2 ชั้น แบบ 212 ได้ก่อสร้างเพียง5 ห้องเรียนเท่านั้น ในปีเดียวกันได้รับเงินงบประมาณสร้างอาคารคหกรรม จำนวน 1 หลัง ซึ่งโรงเรียนได้ใช้ห้องเรียนมาจนถึงสิ้นปีการศึกษา 2521
           เนื่องจากโรงเรียนอยู่ห่างจากอำเภอประมาณ 2.5 กิโลเมตร และอยู่ในท้องที่ที่ลำบากต่อการเดินทางของนักเรียน จึงได้จัดซื้อที่ดินใหม่ซึ่งห่างจากตัวอำเภอประมาณ 1 กิโลเมตร คือที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน โดยในปีการศึกษา 2520 กรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณให้ทางโรงเรียนจัดซื้อ ต่อมาก็ได้รับงบประมาณจากกรมสามัญศึกษาก่อสร้างอาคารเรียนถาวร แบบ 216 ค จำนวน 1 หลัง สร้างเสร็จเมื่อวันที่ 27 สิงหาคม 2522
           ต่อมาโรงเรียนได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาเพื่อพัฒนาชนบทโครงการ 1 รุ่นที่ 3 ได้รับอาคารและวัสดุครุภัณฑ์มากมาย เช่น อาคารวิทยาศาสตร์และห้องสมุด บ้านพักครู บ้านพักนักการภารโรง รวมทั้ง ห้องน้ำ ห้องส้วมสำหรับนักเรียน ประปา และติดตั้งไฟฟ้าตามถนน ภายในบริเวณโรงเรียน สิ่งต่างๆ ดังกล่าวสร้างเสร็จและรับมอบเมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม 2526
           ปีงบประมาณ 2535 ได้รับงบประมาณหมวดที่ดิน และสิ่งก่อสร้างตามแผนงานการจัดการศึกษาระดับมัธยม รหัสลักษณะงาน 042111 งานดำเนินการมัธยมศึกษา รหัสบัญชี 0301 เป็นค่าก่อสร้างสนามบาสเกตบอล จำนวน 1 สนาม วงเงิน 151,000 บาท  เป็นค่าเทพื้น อาคาร 216 ค วงเงิน 201,000 บาท
            ปี พ.ศ. 2547 ได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนหนึ่งอำเภอหนึ่งโรงเรียนในฝันซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียน
ในปัจจุบัน คือ เลขที่ตั้ง 16 หมู่ 2 ตำบลบาเจาะ อำเภอบาเจาะ จังหวัดนราธิวาส รหัสไปรษณีย์ 96170 โทรศัพท์ 073-599089 โทรสาร 073-599312  e-mail:This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.   website : http://www.bacho.ac.th สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 15 มีเนื้อที่ 22 ไร่ 84
ตารางวา และได้ดำเนินการเรียนการสอนมาจนถึงปัจจุบัน ในวันที่ 2 กันยายน พ.ศ.2532 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีทรงเสด็จเยี่ยมคณะครู นักการภารโรง นักเรียน โรงเรียนบาเจาะ เป็นพระมหากรุณาธิคุณอย่างล้นพ้น